Biserica Pătrăuţi a facut parte din ansamblul singurei mănăstiri de maici ctitorită de Ştefan cel Mare. Mănăstirea era destinată în special îngrijirii răniţilor din luptele purtate în preajma Cetăţii de Scaun a Sucevei.
Pisania în limba slavonă aflată deasupra portalului de intrare consemnează:
''Io Ştefan Voievod, Domn al Ţării Moldovei, fiul lui Bogdan Voievod, a început să zidească această Mănăstire în numele Sfintei Cruci in anul 6995 (1487) luna iunie ziua 13''.
Sfântul Ştefan cel Mare construieşte biserici în ultimii 17 ani de viaţă, Biserica din Pătrăuţi fiind construită în primul an de construcţii, adică în 1487. Dispariţia nefericită a bisericii originale de la Putna şi distrugerea bisericii din Milişăuţi au făcut ca Biserica Pătrăuţi să fie astazi cea mai veche biserică păstrată dintre cele ctitorite de Sfântul Ştefan cel Mare.
Urmele lăsate de arme de asalt pe portalul de intrare în naos ne grăiesc despre istoria tragică a bisericii. Jefuită încă din secolul al XVI-lea, biserica a fost părăsită în repetate rânduri. Urmele celor aproape 200 de ani de părăsire se pot vedea în distrugerile tencuielilor arcelor şi bolţilor din altar şi pronaos. Este salvată la începutul secolului al XVIII-lea de Episcopul Calistru de Cernăuţi, iar din a doua parte a secolului al XVIII-lea, biserica serveşte ca biserică parohială.
Din vara anului 2003 în această biserică slujeşte părintele Gabriel Herea. În toamna anului 2003, sub îndrumarea Înalt Prea Sfinţitului Pimen, s-au început ample lucrări de restaurare, lucrări ce au scos de sub praf şi fum suprafeţe de frescă de o inestimabilă valoare artistică şi istorică.
În anul 2004, pentru protejarea ansamblului iconografic original din sec. al XV-lea, s-a început construcţia unui paraclis unde se celebrează astăzi viaţa liturgică. Paraclisul nu este încă pictat, realizarea picturii aflându-se pe lista de proiecte viitoare.
Supravieţuind vremurilor, Biserica Pătrăuţi, cu forme arhitectonice blânde şi calme, aşezată pe malul pârâului cu nume de fată, Pătrăuceanca, te îndeamnă parcă la o comuniune intimă cu ierarhiile cereşti, cu dealul împădurit din apropiere, la poalele căruia odihnesc, într-un vechi cimitir, monahi sau oşteni ai viteazului domnitor Ştefan cel Mare.
Datorită formei originale de conservare, atât arhitectural cât şi iconografic, Biserica Pătrăuţi a devenit Monument Unesco în anul 1993, fiind cea mai veche biserică ortodoxă Monument Unesco din România.
